Nord-Korea avfyrte en rakett i havet utenfor østkysten av Koreahalvøya torsdag morgen lokal tid.
Det informerer den sørkoreanske hæren.
Kort tid etter kunngjøringen av missillanseringen utstedte den japanske regjeringen en evakueringsordre.
Innbyggerne på øya Hokkaido ble bedt om umiddelbart å ta dekning inne i bygninger eller under jorden. Dette ble oppgitt i det japanske J-Alert-varslingssystemet.
Regjeringen sa at det var en risiko for at missilet ville treffe nær øya Hokkaido.
Kort tid etter ble evakueringsordren avblåst, og det ble uttalt at det ikke lenger var noen risiko for at missilet skulle treffe øya.
Den sa da at det var en feil i varslingssystemet som hadde satt evakueringsordren i gang.
Men den japanske regjeringens sjefskabinett, Hirokazu Matsuno, avviste denne tolkningen på en pressekonferanse som fant sted midt på dagen lokal tid.
Han sier at det nordkoreanske missilet forsvant fra Japans radar like etter at det ble oppdaget. En senere analyse viste at det ikke var noen risiko for at den ville lande på japansk territorium, og da ble evakueringsordren trukket tilbake.
– Advarselen ble sendt ut for å informere innbyggerne om faren for at et missil ville krasje for å beskytte innbyggernes sikkerhet, sier han.
Japans kystvakt sier også at Nord-Korea har avfyrt det som kan være en ballistisk rakett. Ifølge kystvakten ser missilet ut til å ha falt i havet utenfor Nord-Korea.
Hokkaido er Japans nest største og nordligste øy.
Missilet, som antas å være middels eller langtrekkende, ble avfyrt klokken 07.23 lokal tid fra den nordkoreanske hovedstaden Pyongyang, opplyser det sørkoreanske militæret.
Det er et ballistisk missil. Dette begrepet dekker det faktum at missilet lanseres fra en stasjonær plattform og kan bevege seg i en bane utenfor jordens atmosfære.
Militæret i Sør-Korea sier de er i høy beredskap og holder seg klare i tett samarbeid med USA.
Sparkingen kommer to dager etter at det nordkoreanske statsmediet KCNA meldte at Nord-Koreas leder Kim Jong-un har beordret landet til å styrke sin krigsavskrekking.
Det må gjøres på en «mer praktisk og offensiv» måte for å motstå det Nord-Korea kaller aggressive handlinger fra USA.
Nord-Korea har kritisert de siste felles militærøvelsene holdt av USA og Sør-Korea for å eskalere spenningen i regionen.