Det var stor polititilstedeværelse, skriver AP Nyheter.
En av mennene ble ført inn i rettssalen med bind for øynene. Da den ble fjernet, kunne man se et svart øye.
De to er mistenkt for å ha deltatt i et terrorangrep fredag kveld i en konsertsal i Crocus City Hall.
En gruppe knyttet til Islamsk stat har tatt på seg ansvaret for angrepet, det dødeligste i Russland på flere år.
En av de mistenkte, Dalerdjon Mirzoyev, er angivelig fra Tadsjikistan, skriver det russiske mediet Tass , som vil ha en reporter til stede i retten søndag kveld.
«Jeg er statsborger i Tadsjikistan», skal han ha sagt i retten gjennom en tolk, ettersom han ikke snakker russisk.
Han skal også ha sagt at han har tre mindreårige barn.
Han er etter russisk lov siktet for terrorisme med døden til følge, skriver Tass.
Ifølge media er 11 mistenkt for å ha vært involvert i angrepet, der flere tok seg inn i konserthuset i et område utenfor Moskva og skjøt mot konsertgjengere.
Flere ble deretter arrestert da de forsøkte å krysse grensen ut av Russland.
